Het handschriftenbezit (702 stuks) bestaat overwegend uit middeleeuwse codices (ca. 550). Ze behoorden tot de startcollectie van achtereenvolgens de school van de Ecole Centrale in Brugge (1798) en vervolgens van de stadsbibliotheek (1804). De middeleeuwse codices zijn overwegend afkomstig uit de cisterciënzerabdij Ten Duinen, die zelf in de 17de eeuw het handschriftenbezit van de cisterciënzerabdij Ter Doest (Lissewege) incorporeerde. De collectie middeleeuwse codices is veruit de belangrijkste erfgoedcollectie van de Openbare Bibliotheek Brugge. De goede conservatie (middeleeuwse banden), de wijde inhoudelijke scoop (breder dan een ‘monastieke’ collectie) en het librijekarakter (samen met het Grootseminarie is de volledige Duinencollectie nog in situ (Brugge) bewaard) dragen daar in hoge mate toe bij. Manuscripten uit deze collectie vormen het voorwerp van internationaal wetenschappelijk onderzoek en waren/zijn te zien op internationale tentoonstellingen. In het bijzonder vormden ze het voorwerp van de tentoonstelling ‘Besloten wereld, Open boeken’ (2002, Brugge, Culturele Hoofdstad van Europa). De collectie Handschriften werd de voorbij 200 jaar via aankoop en schenking verder aangevuld, en dit vanuit het collectieprofiel ‘Brugensia’. Tot de belangrijkste schenkingen behoren twee verzamelingen middeleeuwse-16de-eeuwse verluchte getijdenboeken (schenkingen Houtart en Thomas de Schietere de Lophem). Ten slotte vormen, binnen de Brugensia, handschriften met funerair erfgoed (grafschriften) een belangrijke component.
